רכבי האגודה מאז הקמתה החליפו צבעם מספר רב של פעמים. ברוב המקרים כתוצאה ממהלך יזום ופעם אחת בעקבות תקנה שהטילו הבריטים בשנת 1938 על חברות האוטובוסים, זאת בשל המצב הביטחוני בארץ אשר חייבה את כל המפעילים לעבור לצבע אחיד, כשגג האוטובוס צבוע בלבן וגוף הרכב באפור. מטרת המעבר לצבע אחיד אפשר לשלטון הבריטי לזהות ולפקח על תנועות האוטובוסים בדרכים. לצורך זיהוי האוטובוסים נצבעו הדפנות בחלקן התחתון בפס לבן.
לאחר מלחמת העצמאות, למעט ''אגד'' שנשאר עם הצבע האפור, שינו כל הקואופרטיבים את צבע האוטובוסים, כל אחד בהתאם לטעמו. ''שחר'' בצפון עבר לתכלת לבן, ''דרום יהודה'' חזר לצבעי ירוק כהה וירוק בהיר. המקשר שינה לצבע שחור בחזית ושילוב של כחול כהה עם לבן. עם האיחוד הגדול של שלושת הקואופרטיבים הגדולים ''אגד'' ''שחר'' ''דרום יהודה'' בשנת 1951 נצבעו כל רכבי האגודה בגוון הצבעים של ''דרום יהודה'' - ירוק כהה וירוק בהיר.
שינוי נוסף חל בשנת 1955 עת החלו להופיע הליילנד מארק 1 ומארק 2 שנצבעו בצבע מוכסף בדפנות, עם ירוק מסביב לצמיגים. בהדרגה נצבעו גם האוטובוסים הישנים בצבע הזה. לקראת חגיגות העשור למדינה וקליטת אוטובוסים מפוארים לתיירות נקבע צבע חדש לרכבי התיירות. עם קליטתם בהמשך של אוטובוסים נוספים מסוג ליילנד מארק 2 נצבעו אלה בלבן כשאת אזורי הגלגלים עיטר הצבע הירוק. בשנת 1966 חל מהפך נוסף משהוחלט לצבוע את האוטובוסים בצהוב ירוק כאשר חציו העליון צבוע צהוב וחציו התחתון ירוק עם פס צהוב.
בסוף שנת 1972 הוחלט במזכירות אגד לשנות את צבע האוטובוסים מתוך כוונה ליצור הפרדה בין צי הרכב לתיירות ובין צי הרכב לשרות הרגיל. כאשר הצבע האדום עם פסים לבנים חל על רכב תיירותי והצבע הכחול עם פסים לבנים מיועד לצי הרכב הרגיל. לאחר שהצבע השתנה הוחלט בשנת 1975 לבטל את הצביעה בכחול מסיבות בטיחות וחסכון כספי בהתאם להמלצת מנהל בית הספר לנהיגה של אגד אפרים פורן והצבע האדום נצבע על כל רכבי האגודה. צבע שליווה את האוטובוסים למשך שני עשורים בשינויים מינוריים שעדין הותירו את הצבע האדום כדומיננטי. בשנת 1994 עם הגעתם של אוטובוסים מסוג מרצדס O404 הוחלט לשנות את צבע האוטובוסים פעם נוספת לצבע סגול, צבע שהיה בשימוש במשך זמן קצר יחסית.
לקראת תחילת שנות ה-2000 שינתה אגד את צבע האוטובוסים לירוק, הצבע שעדיין מוביל בגאווה את צי האוטובוסים של האגודה.